Ao Conselho de Pesquisa e Inovação compete traçar diretrizes para orientar a ação da Universidade no campo da pesquisa e zelar, por meio de avaliação periódica, pela sua qualidade, bem como fomentar a pesquisa interdisciplinar e estimular a inovação e harmonizar a atividade dos órgãos que promovem a inovação associados ou pertencentes à Universidade de São Paulo.

O Conselho de Pesquisa e Inovação é um dos Conselhos Centrais da Universidade de São Paulo (conforme Capítulo III, art. 24 do Estatuto da Universidade), tendo sido criado mediante a fundação da Pró-Reitoria de Pesquisa, em 1988. As primeiras reuniões do órgão ocorreram em março de 1989. Formado a partir de membros que emanam das Comissões de Pesquisa de cada uma das Unidades, Museus e Institutos Especializados da Universidade, bem como por representação discente, o Conselho busca trazer a vivência de cada área do conhecimento para as discussões acerca das políticas de pesquisa globais da USP. Dessa forma, todas as Unidades se encontram nele representadas.