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CEPIDs
Os Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPIDs) têm por missão desenvolver investigação fundamental ou aplicada, focada em temas específicos; contribuir para a inovação por meio de transferência de tecnologia; e oferecer atividades de extensão voltadas para o ensino fundamental e médio e para o público em geral.
O programa foi iniciado pela FAPESP em 2000, com suporte a 11 Centros de pesquisa entre 2001 e 2013. Em 2011, foi anunciada uma segunda chamada de propostas, que deu origem a 17 CEPIDs. Atualmente 11 CEPIDs estão ligados à USP.
Os temas de pesquisa dos Centros incluem: alimentos e nutrição; vidros e cerâmica; materiais funcionais; neurociência e neurotecnologia; doenças inflamatórias; biodiversidade e descoberta de novas drogas; toxinas, resposta imune e sinalização celular; neuromatemática; ciências matemáticas aplicadas à indústria; obesidade e doenças associadas; terapia celular; estudos metropolitanos; genoma humano e células-tronco; engenharia computacional; processos oxidantes e antioxidantes em biomedicina; violência; e óptica, biofotônica e física atômica e molecular.
| Nome do centro | Coordenador |
| Centro de Pesquisa de Carbono em Agricultura Tropical (CCARBON) | Carlos Eduardo Pellegrino Cerri |
| Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3) | Shaker Chuck Farah |
| Gestão de Ecossistemas para Transições Sustentáveis (CEPID Bridge) | José Afonso Mazzon |
| Centro de Pesquisa em Resiliência em Crises Climáticas e Desastres (Climares) | Tercio Ambrizzi |
CEPIXs
Os novos centros fazem parte do Programa USP de Incentivo a Centros de Pesquisa e Inovação Especiais (Cepix), lançado pela Reitoria em novembro 2023. O projeto é voltado ao fomento e à continuidade das atividades de pesquisa, inovação e difusão anteriormente contempladas pelo projeto de Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (Cepids), financiados pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp).
A criação dos Cepix visa a manter os Cepids que estavam prestes a alcançar o prazo de término estabelecido pela Fapesp. No seminário “Cepix: Novas Fronteiras de Pesquisa”, promovido no dia 27 de junho de 2024, os coordenadores e integrantes dos centros tiveram a oportunidade de apresentar e discutir os principais destaques de cada Cepid no que tange ao desenvolvimento científico, aos avanços em formação de recursos humanos, à internacionalização, à educação e difusão, à transferência de tecnologia e aos planos para os futuros Cepix (veja na tabela ao lado quais são os centros).
| Nome do centro | Coordenador |
| Centro de Pesquisa em Alimentos (FoRC) | Bernadette Dora Gombossy de Melo Franco |
| Centro para o Estudo da Violência (NEV) | Sergio França Adorno de Abreu |
| Centro de Estudos da Metrópole(CEM) | Eduardo Cesar Leão Marques |
| Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias (CRID) | Fernando de Queiroz Cunha |
| Centro de Terapia Celular (CTC) | Dimas Tadeu Covas |
| Centro de Pesquisa sobre o Genoma Humano e Células-Tronco (CEGH-CELL) | Mayana Zatz |
| Centro de Pesquisa em Matemática Aplicada à Indústria (CeMEAI) | José Alberto Cuminato |
| Centro de Pesquisa e Inovação em Biodiversidade e Fármacos (CIBFar) | Glaucius Oliva |
| Centro de Pesquisa em Óptica e Fotônica (CEPOF) | Vanderlei Salvador Bagnato |
| Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão em Neuromatemática (NeuroMat) | Oswaldo Baffa Filho |
| Centro de Pesquisa em Processos Redox em Biomedicina (REDOXOMA) | Ohara Augusto |
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