Os Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPIDs) têm por missão desenvolver investigação fundamental ou aplicada, focada em temas específicos; contribuir para a inovação por meio de transferência de tecnologia; e oferecer atividades de extensão voltadas para o ensino fundamental e médio e para o público em geral.

O programa foi iniciado pela FAPESP em 2000, com suporte a 11 Centros de pesquisa entre 2001 e 2013. Em 2011, foi anunciada uma segunda chamada de propostas, que deu origem a 17 CEPIDs. Atualmente 11 CEPIDs estão ligados à USP.

Os temas de pesquisa dos Centros incluem: alimentos e nutrição; vidros e cerâmica; materiais funcionais; neurociência e neurotecnologia; doenças inflamatórias; biodiversidade e descoberta de novas drogas; toxinas, resposta imune e sinalização celular; neuromatemática; ciências matemáticas aplicadas à indústria; obesidade e doenças associadas; terapia celular; estudos metropolitanos; genoma humano e células-tronco; engenharia computacional; processos oxidantes e antioxidantes em biomedicina; violência; e óptica, biofotônica e física atômica e molecular.